Ich sehe kein Problem, dass einzelne Tabellen ggf. für sehr kurze zeit locked sind kann passieren, das hast du bei der Verwendung von mysqldump auch. In der Regel führt das zu keinen Problemen. Wenn dein Server leistungsstark genug ist, geht das mit den Backup sehr schnell und verursacht keine Fehler.
Hatte da noch nie Probleme, auch bei großen Datenbanken und Tabellen (über 100GB) wo in Sekundentakt eine Vielzahl an abfragen stattfinden.