Mag sein das du es so lieber magst;)
Ich sehe aber da vorteile.
Kunde kann nicht ausversehen auch Sub's oder andere "www's" löschen wenn er den Inhalt eine der Hauptdomain löscht
Man kann subs nicht direkt über die Hauptdomain aufrufen
Kunde legt Sub an und kann sofort loslegen und wenn der Admin ne 2te Domain anlegt muss Kunde dann extra nochmal ran und Ordner anpassen.
Man sollte auch bedanken das Kunden "faul" sind

wollen es halt einfach haben.
was mit auch noch negativ aufgefallen ist, das alle Logfiles der domains eines Kunden in einer datei landen.
Schlecht für fehlersuche bei einer domain

Würde es begrüßen wenn jede Sub / Domain ihr eigenes logfile hat (viell auch noch ssl extra)
Nachtrag:
Gerade noch gesehen, das alle Sub's / Domains in einer Kunden vhost sind?
viell dieses auch noch aufteilen - muss aber nicht

ist mir nur mal so aufgefallen ^^